Au Moyen-Âge les terres du Boullay, des Trous et de Montabé relèvent de la châtellenie de Chevreuse.
En 1190 Simon de Chevreuse fils de Guy II donne aux Templiers le village de Boullay avec son bois des Layes et son haras.
Au XIIIe siècle, construction d'une église paroissiale.
En 1420 l'armée anglo-bourguignonne de Jean sans Peur prend la ville et le château de Chevreuse.
En 1646, achat de la seigneurie par Guillaume Dugué de Bagnols, qui rénove l'hôtel seigneurial.
En 1654-1655, construction d'une nouvelle église paroissiale à la palce de la précédente en ruine.
En 1661 ce seigneur reçoit chez lui des jansénistes chassés par le roi de Port-Royal.
En 1711, transfert du corps de Guillaume Dugué de Bagnols de Port-Royal en l'église paroissiale des Troux.
Au XVIIIe siècle, vers 1763, le comte François-Joseph d'Hallwyl, du régiment des Gardes-Suisses, reçoit des gens de la Cour au château des Troux.
Sous la Révolution le comte Valentin Esterhazy, officier, ancien gouverneur de Rocroy encourage sa femme à se réfugier en Angleterre chez Lady Spencer duchesse de Devonshire.
En 1854, on répare le clocher et où on installe une nouvelle cloche.
En 1863 le village des Trous devient par décret impérial Boullay-les-Troux.
En 1865 la paroisse des Trous est réunie à celle des
Molières
En 1867, inauguration de la ligne à voie unique d'Orsay à Limours, dont une station est située sur la plaine du Fay, à une heure de Paris en une heure, avec correspondance par calèche pour Cernay-la-ville.
En 1891, la voie est normalisée quant l'écartement des rails, et on ouvre un service des marchandises avec une halle.
La Grande Guerre fait cinq morts pour la France et de nombreux gazés.
Entre deux guerres, immigration d'ouvriers carriers italiens.
En 1926 électrification du village.
En 1932 adduction d'eau potable au village.
En 1939 le service voyageurs est supprimé et remplacé par un service d'autocar Renault jusqu'en mai 1940, date à laquelle le service de marchandises est également supprimé avec le tronçon Saint-Rémy-lès-Chevreuse-Limours.
Jusqu'au milieu du XXe siècle les activité principales du village sont l'agriculture et l'exploitation des carrières, d'une part de pierre meulière, d'abord pour les meules des moulins, puis pour la construction, et d'autre part de grès, pour le pavage de Paris.
En 1954 électrification de Montabé.
En 1962, adduction d'eau à Montabé.
De 2002 à 2012, rénovation de l'église paroissiale.