Jacques-Julien Margottin, dit Margottin père, est né le 7 septembre 1817 au
Val-Saint-Germain, où ses parents Jean-Baptiste Mathurin Margottin et Marie-Françoise Marguerite Sassin sont ouvriers agricoles. En 1831, orphelin de père, il passe apprenti-jardinier au
château du Marais, résidence du du
comte Molé au
Val-Saint-Germain.
En 1835 on le trouve garçon jardinier à Lisigny près Brie-Comte-Robert (en Seine-et-Marne), au service de M. Boscary de Romaine, propriétaire.
En février 1838, il intègre à à Fromont (Seine-et-Marne) l'établissement renommé d'Étienne Soulange-Bodin dirigé par M. Keteleer. En août, exempté de service militaire comme fils aîné orphelin chargé de sa famille, il entre chez Josselin, pépiniériste à Châteauneuf-sur-Loire (Loiret), puis chez Quentin, fleuriste à Paris.
En 1839 il passe collaborateur d'Alexandre Hardy, célèbre arboriculteur tenant le Jardin du Luxembourg, où il est engagé pour an an comme chef jardinier en charge de la roseraie. L'année suivante il s'installe à son compte à Ivry-sur-Seine comme rosiériste, puis près Jardin des Plantes, 33 de la rue du Marché aux Chevaux.
En 1857, il s'installe à Bourg-la-Reine, 22 Grande Rue, où il va créer une grande partie de ses roses. La Nomenclature de Simon et Cochet lui attribue 77 obtentions commercialisées entre 1845 et 1877, dont certaines sont encore appréciées aujourd'hui.
Membre-fondateur du Cercle de conférences horticoles du département de la Seine, depuis Société centrale d'horticulture de France, devenu célèbre par ses créations de rosiers et de chrysanthèmes, et patron d'une entreprise prospère Bourg-la-Reine, il y est élu conseiller municipal en 1860 et reçoit la légion d'honneur en 1878.
Il meurt le 13 mai 1892 à Bourg-la-Reine, où se trouve sa tombe. Son entreprise est reprise par son fils, dit Margottin fils.